Typickými příznaky jsou průjem, plynatost, křeče, pokles hmotnosti nebo únava. Tato porucha se může projevit kdykoliv, v dětství i v dospělosti a může mít různé projevy.
U dětí se celiakie nečastěji objevuje brzy po poté, co jim byla prvně podána strava obsahující lepek - krupičková kaše, piškoty a polévky zahuštěné moukou. Děti začnou trpět průjmy, mají objemné nápadně zapáchající stolice. Trpí bolestmi v bříšku, které se začíná postupně zvětšovat. Děti ztrácejí chuť k jídlu, jsou často plačtivé a mrzuté. Ubývají na váze a málo rostou. Může se také projevit anémie z nedostatku železa.
U starších dětí a u dospělých často propuká onemocnění po zátěži (nemoc, těhotenství). Kromě typických příznaků se může objevit zvracení, snížená chuť k jídlu, anémie, osteoporóza (řídnutí kostí), zvýšená kazivost zubů, bolesti kloubů, deprese nebo únava.
